計算生物物理學或生物信息學下的高中水平研究課題有哪些可行?注意:不需要核心實驗室流程的主題是研究委員會的首選。
生物信息學/計算生物學/計算生物物理學的美妙之處在于,您不必擔心任何實驗室過程,更不用說“硬核”過程了。網上有大量免費提供的數據,大多數最有趣的數據工具也是免費的和開源的。現代筆記本電腦具有足夠的計算能力來運行該領域的有趣分析,AWS 甚至通過其免費套餐提供一些重要的云計算。
可用資源包括大量原始 DNA/RNA 序列數據、大量組裝和注釋的 DNA/RNA/蛋白質數據、基因表達數據、實驗確定和計算預測的蛋白質結構、代謝途徑、癌癥基因突變等等。
很難確定高中項目的正確范圍——這在很大程度上取決于你能否接觸到熟悉你所工作空間的導師,但沿著這些思路的一些想法可能是可行的。
- 從COSMIC(癌癥數據庫中的突變)中鑒定復發性氨基酸替代;將它們映射到三維結構(預測或實驗)上,并確定它們是否是表面/暴露的,它們屬于哪種類型的二級結構
- 識別蛋白質多個比對中可能的蛋白質-蛋白質相互作用特征(更多關于這個想法在我的博客上
- 通過敲除另一種代謝物的基因來模擬大腸桿菌對一種代謝物產生的影響
- 鑒定各種基因組中甲基化的DNA位點,并探索這些位點在同一物種的其他菌株中的保守程度
- 檢查SARS-CoV-2序列的進化
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