期刊導航
為什么Craig Venter的方法在破譯科學界攻擊的人類遺傳密碼？
如果被“攻擊”你的意思是預測他們會失敗，或者抱怨它經常被描繪，這就是故事。
人類基因組計劃的目標是對人類基因組進行繪圖和測序，該項目由公共資助并作為國際合作執行。
預計映射會產生三種類型的地圖。首先，密集的遺傳圖譜使遺傳學家將最終序列與人類特征的遺傳聯系起來。第二，細胞遺傳學圖譜，使染色體上的條帶模式可以與最終序列相關聯。第三，物理圖譜 - 在基因組中具有已知位置的實際克隆DNA組。物理圖譜將具有多種分辨率，最終的圖譜是一個序列就緒的圖譜 - 將被測序的實際DNA。由于測序機器只能讀取短片段，因此序列就緒圖譜中的每個克隆都將由許多隨機片段組裝而成。
因為之前沒有人對如此大的基因組進行測序，并且已知人類基因組具有看起來彼此相似的大區域 - 重復 - 制作了幾個不同的物理圖譜。一些團體認為應該有很多層次的物理地圖，我（當時是一個濕透的研究生）稱之為“映射到地面”的方法。其他人想要一種更簡約的方法。最后，三個主要的映射層推動了該項目。
在底部 - 序列就緒組 - 是BAC（細菌人工染色體），大小為幾百千堿基。發現了大量的BAC，它們的末端排序，并且構建了一個地圖，選擇了一個最小化重疊的集合 - 但保留了足夠的空間以使它們之間沒有間隙。
YAC（酵母人工染色體）的水平上升了數百千堿基。最初YAC旨在成為序列就緒的地圖，但一個丑陋的發現是YAC經常重新排列，因此不是基因組的忠實拷貝。足夠好用于另一級別的地圖，但不值得信賴。
對于最長的范圍是幾種版本的輻射雜化（RH）圖。這些允許在許多兆堿基范圍內的步驟，但不是實際的獨立克隆。（最后看我的鏈接;至少有一個解釋了RH地圖）。
人類項目具有非常先進的映射和大量試驗項目，以展示測序技術。這種規模的排序確實意味著建立工廠，技術人員團隊在科學裝配線上工作。自動測序儀器非常棒，但需要制作大量純化的DNA然后進行處理，以便機器可以讀取它。
克雷格·文特爾（Craig Venter）大步走進并表示他將免除所有的測繪工作并進行測序。他不是一次重新組裝100個千堿基，而是簡單地粉碎整個基因組并重建它。這是他用來對第一個細菌基因組進行測序的方法，但這些方法大約是人類基因組大小的1/1000，而且重復次數要少得多。因此，一些思考序列裝配問題的非常聰明的科學家宣稱，在那個尺度上它可能在計算上難以處理。
Venter擅長的一件事是招募聰明人，而對于Celera Genomics，他以Gene Meyers的形式抓住了一個嚴肅的天才。邁耶領導的團隊確實成功解決了算法挑戰。通過測序兩種不同大小的片段 - 一個大約30kb和一個大約15kb - 以及一大堆單個讀數，他們成功地組裝了一個人類基因組。
這經常被描繪出來 - 這就是令人討厭的事實 - 強硬的Celera開箱即用，并且在拙劣的，臃腫的公共努力之前飆升。這對公眾的努力是非常不公平的。
首先，Celera可以通過使用已完成的公共序列區域作為測試的真實性來了解他們的策略。其次，他們還可以使用所有的映射數據 - 這是為公眾生成的最終序列增加了大量的效用。第三，公眾的努力為Celera的測序工廠創造了整個技術基礎。
與現在相比，測序之所以如此便宜的一個主要原因是人們不再需要工廠了。在他們的廚房里只有1萬美元設備的單身人士現在可以對人類基因組進行測序，但更典型的是，這是由一個小團隊和大約100萬美元的設備完成的（后者整體上更便宜，因為它可以產生更多的基因組分攤設備成本）。
我在2016年開始探索人類基因組計劃的替代方案，以及它們如何影響Celera。閱讀它們以獲取血腥細節和推測。
HGP Counterfactuals，第2部分：被遺忘的地圖
HGP Counterfactuals，第4部分：測序技術景觀大約1992年
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